La jurisprudencia de la Corte Constitucional ha sido clara en establecer que cuando existan diferencias entre lo establecido en una norma de derecho supranacional derivado (tal como lo es una norma establecida en una Decisión de la Comunidad Andina de Naciones -CAN-) y otra de derecho interno, se aplicará preferentemente la primera sin que la segunda cese de existir. Así pues, estableció la Corte Constitucional en Sentencia C-256 de 1998 que, aunque no integren el bloque de constitucionalidad (por no referirse éstas a derechos humanos), las decisiones de la CAN son de aplicación inmediata y preferente, por lo cual “desplazan” temporalmente la aplicación de las normas de derecho interno que les sean contrarias.  
Así mismo, las Secciones Primera y Cuarta del Consejo de Estado han desarrollado una línea jurisprudencial conjunta en donde no sólo se ha admitido la inaplicación de actos administrativos generales por contrariar las normas en que debían fundarse (por transgredir con ello el principio de legalidad y jerarquía normativa), sino que tal inaplicación también se ha extendido a actos administrativos de carácter particular. No obstante ello, se ha indicado que la excepción de ilegalidad -la cual debe realizarse por el operador de la norma (juez o funcionario público encargado de aplicarla)- no reemplaza ni riñe con su juicio propio de validez, por lo que dicha inaplicación no tiene carácter definitivo ni efectos erga omnes. De igual manera, ha reiterado la Corte Constitucional que las contradicciones entre el derecho comunitario derivado y el derecho nacional no generan la inexequibilidad de la norma local que transgrede la comunitaria (y por ende no es la Corte la competente para conocer y dirimir dichos conflictos) sino que estos deben ser resueltos por los operadores de la norma mediante la inaplicación de las mismas en cada caso concreto.
A raíz de la expedición de la ley 1819 de 2016, con la adopción del régimen fiscal de los contratos de colaboración empresarial, se creó una presunción de derecho según la cual “las relaciones comerciales que tengan las partes del contrato de colaboración empresarial con el contrato de colaboración empresarial (sic) que tengan un rendimiento garantizado, se tratarán para todos los efectos fiscales como relaciones entre partes independientes. En consecuencia se entenderá que no hay un aporte al contrato de colaboración empresarial sino una enajenación o una prestación de servicios, entre el contrato de colaboración empresarial y la parte del mismo que tiene derecho al rendimiento garantizado”. A pesar de no estar muy bien redactada la norma, es posible entender que cuando exista un rendimiento garantizado para alguna de las partes en el contrato, el aporte de bienes o de servicios al mismo se tendrá como una enajenación o una prestación de servicios, lo cual generará consecuencias directas en materia de IVA, impuesto a la renta o ganancias ocasionales e impuesto de industria y comercio. Por rendimiento garantizado, según el Concepto Dian 007397 del 2017, debe entenderse “el pago fijo que recibe cualquiera de las partes en desarrollo del contrato de colaboración con independencia de las utilidades o pérdidas que se generen en desarrollo del mismo”.

Lea también: Armonización normativa en los contratos de colaboración
Ahora bien, al expedirse la norma anteriormente mencionada, olvidó el legislador que Colombia, como país integrante de la CAN, está obligado a expedir sus normas internas en armonía con las propias del derecho comunitario derivado. Así pues, según el artículo 7 literal e) de la Decisión 599/2004 “Los impuestos tipo valor agregado no se generarán (…) [en los] aportes temporales de bienes a consorcios, ‘joint ventures’ y demás figuras empresariales o entidades económicas similares y su reingreso a las entidades aportantes”. Como disposición transitoria, se consagra en este artículo la estipulación según la cual “los Países Miembros que a la fecha de entrada en vigencia de esta Decisión graven algunas de las operaciones previstas en este artículo, pueden continuar haciéndolo”. Vale recordar que a la entrada en vigencia de esta Decisión, se encontraban también vigentes los Conceptos Dian 041483 del 8 de julio 2004 y 015941 de marzo 17 de 2004 según los cuales “los aportes entre colaboradores para el desarrollo del objeto del contrato no generan IVA” y si la actuación del socio gestor al interior de la participación tiene “unidad de fin” con el objeto del contrato mismo, no es jurídicamente factible considerar que el socio gestor esté prestando servicio alguno a los partícipes inactivos.  

Le puede interesar El principio de transparencia fiscal en los contratos de colaboración
En tal sentido, al existir una clara contradicción entre lo establecido en la norma comunitaria y lo establecido en la norma colombiana actual (por lo menos respecto a la posibilidad de gravar con IVA la transferencia de bienes o servicios realizada a título de aporte a un contrato de colaboración cuando este tenga un rendimiento garantizado) deberá el funcionario público, en ejercicio de la excepción de ilegalidad, proceder a inaplicar la misma. De igual forma, serán inaplicables (y no serán vinculantes para los funcionarios de la Dian) los conceptos generales que haya expedido la administración que contravengan directamente lo establecido al respecto por la normatividad comunitaria.