Departamentos como Arauca, Casanare, Meta y Vichada disponen de hábitats acuáticos y terrestres, óptimos para la conservación de la especie y solo el 10,8% del hábitat adecuado para el Crocodylus intermedius, dentro de la sabana del Orinoco, está protegido.
El Instituto Humboldt, con la colaboración de expertos conocedores, identificó algunas áreas para la conservación del caimán llanero o cocodrilo del Orinoco (Crocodylus intermedius), el más amenazado de Colombia y en Peligro Crítico (CR) de extinción según el Libro rojo de reptiles.
Esta investigación, que tenía como un insumo el Modelo de Distribución de Especies (MSD), busco aquellas áreas de distribución histórica del caimán llanero con mejores condiciones ambientales para el desarrollo de la especie.
Según el Instituto, a partir de la información recogida del MSD, de variables ambientales y del análisis de amenazas y oportunidades, unida al conocimiento de los investigadores que trabajan con la especie, se definieron áreas clasificadas con niveles altos, medios y bajos, cuyas condiciones generales fueran propicias para preservar poblaciones saludables de C. intermedius a largo plazo y que pudieran servirle de refugio.
Como resultado se definió que los departamentos colombianos con hábitats más adecuados para la conservación, por kilómetro cuadrado (km^2), eran Vichada (2955 km^2), Casanare (2200 km^2), Meta (1805 km^2) y Arauca (856km^2).
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Así mismo identificaron que con grado de prioridad alta para la protección del caimán se destacaron en primer lugar los sistemas ribereños Lipa-Ele-Cravo Norte, Guayabero-Duda-Losada, Cinaruco-Capanaparo, el río Manacacías, Guarrojo-Tillava-Planas, y el Tuparro.
De la misma manera los investigadores resaltaron que si bien la sabana del Orinoco es una ecorregión de alta prioridad para la conservación de la biodiversidad en el mundo por sus singulares hábitats, en la actualidad dicha zona está catalogada como "vulnerable" debido a la transformación del paisaje.
Y aunque hay planes de manejo actuales para la especie con prioridades definidas y establecidas desde hace casi tres décadas, el cocodrilo del Orinoco aún es considerado amenazado por causa de la caza dirigida, la extracción de huevos para el consumo, la captura de crías con fines ornamentales, el uso inadecuado de mallas y redes de pesca que los atrapan accidentalmente y ahogan, la degradación o destrucción del hábitat, y el aumento de la intervención antrópica.
Finalmente, el Instituto Humboldt reconoce de el estudio realizado que es uno de los pocos análisis integrales de la bioecología, amenazas y oportunidades del cocodrilo del Orinoco, el primero en intentar estimar un hábitat adecuado para la especie o para cualquier cocodrilo, lo cual sugiere que este tipo de investigaciones deben continuar con el fin de recopilar mayor información que permita, a futuro, mejoras en el modelo de conservación actual.
sin embargo, señaló el instituto, que a pesar de los avances, persisten los vacíos de información que hacen primordial establecer un programa de monitoreo a escala regional que brinde insumos sobre estructura poblacional, y realizar estudios de ecología reproductiva y de interacciones del caimán con su hábitat y con la dimensión humana.