Gonzalo Jiménez de Quesada avanzó por el río Opón, sin sufrir mayor resistencia de las comunidades que encontraba. En marzo de 1537 alcanzó la meseta Chibcha. Había logrado apropiarse de una enorme cantidad de oro y esmeraldas.
Gobernación de Santa Marta. Gobernación de Cartagena.
Rodrigo de Bastidas capituló con la Corona en 1524 la gobernación de Santa Marta, desde el Cabo de la Vela hasta el río Magdalena. Gonzalo Fernández de Oviedo capituló con la Corona en 1525 la gobernación de Cartagena, desde el río Magdalena hasta Urabá.
Rodrigo de Bastidas fundó Santa Marta en 1526. Las huestes que lo acompañaban, ansiosas de enriquecimiento rápido, se rebelaron y lo asesinaron. Fracasaron en sus intentos de avanzar hacia tierra adentro, pues el territorio era pantanoso y no era posible la entrada de embarcaciones por las bocas del Magdalena. Se limitaron a la captura y venta de indios como esclavos.
Un nuevo gobernador de Santa Marta, García de Lerma encontró un camino que circunvalaba la Sierra Nevada, conducía al río Cesar, que desemboca en el Magdalena a doscientos cincuenta kilómetros del mar y permitía la entrada de embarcaciones. Simultáneamente se descubrieron bocas navegables del estuario del Magdalena.
Gonzalo Fernández de Oviedo, nombrado gobernador de Cartagena en 1524, no cumplió con su misión de desarrollar la región. Lo reemplazó Pedro de Heredia, quien consiguió licencia para conquistar el territorio costero desde las bocas del Magdalena hasta Urabá. En 1532 fundó la ciudad de Cartagena y empezó a realizar expediciones de conquista. También fundó Tolú y repobló San Sebastián de Urabá.
Conquista de la tierra adentro. La meseta chibcha.
Pedro Fernández de Lugo, gobernador de Santa Marta, ordenó en 1535 la conquista del interior del territorio, avanzando por dos frentes: Un ejército de seiscientos hombres bajo el mando de Gonzalo Jiménez de Quesada iría por tierra, siguiendo el camino de la margen de la Sierra Nevada. Otro grupo lo haría por el río Magdalena en bergantines al mando de Pedro de Urbina, como apoyo al grupo de tierra.
La expedición inició el 5 de abril de 1536. El avance por tierra tuvo muchas dificultades por la naturaleza del terreno y la falta de alimentos. El movimiento de los bergantines también fue dificultoso por las condiciones climáticas, naufragando varios de ellos. Los dos grupos lograron unirse cerca de la desembocadura del río Opón. Allí tuvieron noticias de la existencia de una densa población indígena en lo alto de la cordillera.
Gonzalo Jiménez de Quesada avanzó por el río Opón, sin sufrir mayor resistencia de las comunidades que encontraba. En marzo de 1537 alcanzó la meseta Chibcha. Había logrado apropiarse de una enorme cantidad de oro y esmeraldas. Llegó al valle de los Alcázares, actual sabana de Bogotá, con los pueblos de Chía y Suba, sede del zipa Tisquesusa, el cual intentó sin éxito defender su territorio.
Avanzó al valle de Tunja, dominó al zaque Quemuenchatocha y se tomó el templo de Suagamoso, regido por el gran sacerdote de los muiscas.
Santa Fe de Bogotá.
Gonzalo Jiménez de Quesada fundó Santa Fe de Bogotá, hacia el 6 de agosto de 1538. Dio el nombre de Nuevo Reino de Granada a los territorios conquistados.
Decide viajar a España para pedir el reconocimiento de sus conquistas. Lo detiene la noticia de que dos ejércitos avanzan hacia el lugar donde él se encuentra. Uno, de ellos provenía de la gobernación de Venezuela, dirigido por el alemán Nicolás de Federmann, pagado por inversionistas alemanes que iban en búsqueda del tesoro El Dorado. El otro lo lideraba Sebastián de Belalcázar, fundador de Quito, quien había salido en 1535 a la conquista del norte. En su camino fundó Pasto, Popayán y Cali. Luego encargó a su teniente Jorge Robledo continuar el proceso de exploración y conquista, y él se dirigió hacia el oriente atraído por las noticias de un presunto El Dorado y de la presencia de Jiménez de Quesada en el altiplano.
Los tres conquistadores discutieron sobre los derechos que correspondían a cada uno. Jiménez convenció a los otros dos de viajar a España y dejar en manos del Consejo de Indias la decisión final. El pleito en el Consejo de Indias fue largo y dispendioso, pues la delimitación de los territorios conquistados era imprecisa por falta de información de campo suficiente. Finalmente, el Consejo decidió que lo conquistado por Jiménez de Quesada pertenecía a la gobernación de Santa Marta.