Durante su periodo de Gobierno entre 2012 y 2015, el entonces mandatario presuntamente cometió peculado por más de 700 millones de pesos.
Por haber comprado de manera irregular un lote para la construcción de un parqueadero, la Fiscalía ordenó medida de aseguramiento en contra de Fredy León Rodríguez Vargas por un presunto peculado por apropiación, según lo señaló la investigación sobre estos hechos.
Según el reporte del organismo de control, el peculado se dio porque Rodríguez habría adquirido el terreno por un valor de 1.450 millones de pesos, después de un avalúo de una perito particular, contrario al concejo municipal que había solicitado la evaluación del Instituto Geográfico Agustín Codazzi (Igac).
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Luego de una solicitud de la Procuraduría General de la Nación el Igac realizó un nuevo el avalúo, el cual dio un costo real de 727 millones de pesos, es decir, representó un detrimento de más de 700 millones de pesos.
Por esto, al exalcalde lo responsabilizaron del peculado por apropiación, en concurso con celebración de contratos sin cumplir con los requisitos legales y prevaricato por acción.