El control de convencionalidad es un mecanismo de control judicial que implica el deber de todo juez nacional de “realizar un examen de compatibilidad entre las disposiciones y actos internos que tiene que aplicar en un caso concreto, con los tratados internacionales (…)”. Así lo ha reconocido el Consejo de Estado en múltiples sentencias de la Sala Plena y de la Sección Tercera, incluida la de fecha 24 de octubre de 2016 (Caracol Televisión y RCN vs. Antv). Esta doctrina, que tiene su origen en el caso “Almonacid Arellano y otros Vs. Chile”, aunque establecida inicialmente para ser aplicada por los jueces, se ha extendido a otros poderes públicos del Estado haciéndola obligatoria para los demás funcionarios públicos. Tan obligatorio es realizar este control que la propia Corte Interamericana de Derechos Humanos, en sentencia del 26 de septiembre de 2006 (párrafo 123), indicó que “El cumplimiento por parte de agentes o funcionarios del Estado de una ley [o disposición administrativa] violatoria de la Convención produce responsabilidad internacional del Estado (…)”.

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Ahora bien, este control de convencionalidad, unido con el deber de los funcionarios públicos de inaplicar las normas del ordenamiento jurídico que sean contrarias con otras de rango superior (excepción de ilegalidad) -si bien no es usual en Colombia- es especialmente obligatorio (por mandato de los artículos 9 y 227 de la Constitución Política) cuando las disposiciones internas contradigan aquellas de la Comunidad Andina de Naciones -CAN-. En tal sentido, el artículo 4 del Tratado del Acuerdo de Cartagena (modificado por el Protocolo de Cochabamba) estableció que “los países miembros están obligados a adoptar las medidas que sean necesarias para asegurar el cumplimiento de las normas que conforman el ordenamiento jurídico de la Comunidad Andina” y “se comprometen, así mismo, a no adoptar ni emplear medida alguna que sea contraria a dichas normas o que de algún modo obstaculice su aplicación”.

En materia de IVA, rige actualmente en Colombia la Decisión 599 de 2004 por medio del cual se regulan los aspectos sustanciales y los procedimientos de los impuestos tipo valor agregado que deben armonizarse en los regímenes de los Países Miembros. Si bien inicialmente la Comisión de la Comunidad Andina (tal como lo indica el artículo 40 de la mencionada Decisión) quiso someter la aprobación de dicha Decisión a los órganos internos de cada país, la Decisión 635 del 19 de julio de 2006, derogó tal estipulación indicando que la vigencia de la Decisión 599 comenzaría a partir del 1 de enero de 2008. Este procedimiento tomó en cuenta la tesis establecida por el Tribunal de Justicia de la Unión Europea que establece que las decisiones o directivas de armonización no requieren ser adoptadas por los órganos internos de cada país sino por normas de derecho derivado.

El hecho de que la Decisión 599 de 2004 no haya modificado automáticamente el Estatuto Tributario (pues para ello se requeriría una ley interna) no implica que tal Decisión no cree automáticamente derechos para el contribuyente, y que tales derechos prevalezcan (por estar consagrados en una norma de rango superior) frente a aquellos de la ley interna. En tal sentido, frente a la obligatoriedad de inaplicar normas locales que contraríen las disposiciones supranacionales, ha indicado la Secretaría General de la Comunidad Andina, en su documento informativo SG/di 903 del 24 de septiembre de 2008 que “ (…) los contribuyentes que se sientan afectados por la negligencia en la armonización, pueden acudir al Tribunal Andino de Justicia o a los Tribunales nacionales para solicitar la aplicación de la Decisión a su caso concreto o la suspensión de una norma interna contraria a la norma comunitaria”.

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En tal sentido, emitir normas de derecho interno que contravengan normas supranacionales que el Estado deba respetar, es prohibido por contravenir los actos propios. Y, bajo los principios rectores del derecho internacional, ello puede ser retrotraído o suspendido por el Tribunal Comunitario que corresponda bajo la doctrina del “estoppel”.