En agosto de 2016, Arce fue designado técnico de la selección de Paraguay para reemplazar al argentino Ramón Díaz, cuando quedaba un mes para disputar la segunda vuelta de la fase de clasificación para Rusia 2018.
Este martes, en declaraciones a un medio paraguayo, el seleccionador Francisco Arce confirmó su desvinculación de la selección, pese a que era uno de los nombres que seguían sonando para dirigir a los guaraníes para la próxima eliminatoria.
El técnico explicó que su decisión se debió a que no coincidió con la Asociación Paraguaya de Fútbol en cuanto a los tiempos, puesto que estos anunciaron que no tomarán una decisión hasta principios del 2018. Arce dio entender que esa situación frenaba la llegada de otras ofertas que ampliaran su horizonte como entrenador.
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Sobre su último ciclo al frente de la Albirroja, Arce opinó que se hizo una buena labor y que se recuperó la "estructura", pero admitió que le quedó la "deuda" de no haber clasificado a Rusia.